Заповедник создан в Кемеровской области 27 декабря 1989 года.
Заповедник расположен на юге Центральной Сибири в наиболее высокой части западного склона хребта Кузнецкий Алатау на территории Тисульского, Новокузнецкого и Междуреченского районов Кемеровской области.
Экологический центр
Одним из приоритетных направлений эколого-просветительской работы Государственного природного заповедника «Кузнецкий Алатау» является экскурсионно-туристическая деятельность на базе Экологического центра заповедника — информационно-образовательного центра Кузбасса.